最低评标价法虽然有很多好处，但在实施过程中有很多需要注意的问题，比如如何界定“低于成本价”的问题，有些项目中一些出价最低的厂商往往因为被视为“低于成本价”而遭遇废标，对此，金蝶中间件总经理奉继承认为政府大可不必过于敏感，因为每个厂商的成本负担是不同的，尤其是软件行业，国外软件巨头的开发基地大多在北美，工资、场地等成本相对国产软件企业要高十几倍甚至几十倍，两者没有可比性，国产软件价格如果因为有压倒优势就被定义成“低于成本价”显然是不合理的。
　　
　　至于东方通负责人所说的“国外巨头借规模优势以低价打压国产软件”的危险，奉继承认为不需要过于忧心，因为价格和成本是成正比的，国外企业的成本远远高于国内企业，如果它们和中国企业打价格战，则必然是得不偿失的，而且如果有企业采用上文提到的“数据库捆绑中间件”的方式参与政府采购，那就属于垄断性质了，国家有相应的法规处理。
　　
　　何红锋同时提醒，采取最低评标价法的时候要小心中标人为了能继续盈利，可能会在履约质量上动脑筋。此时，采购质量可能因此受到影响。
　　
　　比如在一些杀毒软件采购项目中，经常出现价格为几元钱的产品，甚至出现“零报价”的现象，这样就完全属于低于成本价了，采购单位采购了这样的产品就存在一个隐患，那就是厂商可能没有利润进行病毒库的更新和产品升级，一旦系统被突破后，采购单位的损失就比节约的费用大多了，因此要在验收环节和诚信记录环节多下功夫。
　　
　　天津市政府采购中心的相关负责人表示，最低评标价法和综合评分法各有千秋，在实际操作中代理机构可以兼取两家之长，天津市曾经有一个电子海关的采购项目，对投标人的方案、演示、业绩等方面均有较高要求，不能单纯考虑价格因素，但是由于达到上千万元，因此希望能够让最低价的企业中标，因此首先将评标分为两个阶段，第一阶段：采取综合评分法，考量企业的业绩、技术、资金等综合实力，然后用分数进行排名，9家企业中最后三名被出局，剩下的企业参与第二轮招标，这轮招标就以价格高低作为评价条件了，最低价者中标，这样既保证了企业的质量又保证了低价中标，中央国家机关协议供货招标也是采取这种方式的。
　　
　　另一种需要避免的情况是围标，有些IT产品的采购渠道相对单一，能够参与的企业并不多，比如大型数码印刷设备，全世界就几个企业可以生产，采购量也不多，如果采用最低评标价法以价格为惟一的考量因素，没有技术比拼的机会，大家只能拼价格，久而久之，这些企业之间就会形成一个攻守同盟，轮流坐庄，不管谁中标，价格都不会比预算低太多，比如预算是1000万元，几家企业可以依次投报970万元、950万元和940万元，最后940万元中标，这么一来最低评标价法反而无法实现节支的目的。
　　
　　在以往的实际采购过程中，这样做有一个风险就是如果有企业报价高于预算可能会废标，但是现在《意见稿》规定要在开标前公布预算，这对围标行为增加了保险系数。

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