各省市有了自己的《自主创新产品目录》，政府采购是否就能畅通无阻地扶持《自主创新产品目录》内的产品？事实并非如此，各地政府采购对于本省、本市的《自主创新产品目录》态度各有不同。
　　
　　北京市政府采购办一位相关负责人就表示：“真正要扶持自主创新产品，还得等全国性的《自主创新产品目录》出台，扶持措施才于法有据。虽然北京市有自己的《自主创新产品目录》，但这并不能作为加分依据，因为本市的《目录》不可能包括全国所有省份的自主创新产品，如果在北京招标的项目只给入围《北京市自主创新产品目录》的产品加分，那显然对来投标的外地企业不公平。政府采购要维持一个公平的市场，就应该是对所有自主创新企业的公平，而不仅仅只是扶持本地企业，否则就有地方保护主义之嫌。因此现在很多招标项目中没有对自主创新产品加分这一项。”
　　
　　各地纷纷出台《自主创新产品目录》，对于企业来说也是有喜有忧。能入围《自主创新产品目录》并在政府采购中得到扶持，对于企业来说当然是好事。但另外一方面，目录越多，入围目录的标准就越多，企业申报起来就越麻烦。一般省市进行自主创新产品认定，首先必须由企业提出申请。试想一个跨省经营企业要入围各地的《自主创新产品目录》，就必须逐省申报，其中花费的人力、物力都相当大，很多小型自主创新企业很可能根本没有这样的人力和物力进行逐省申报。
　　
　　已经出台《自主创新产品目录》的某省采购中心负责人告诉《政府采购信息报》记者：“扶持自主创新的口号喊了很多年，全国性目录却一直是‘千呼万唤出不来’。很多拿着专利、各种自主创新认证证书的企业来问我们：‘你们不是要扶持自主创新吗，那我们为什么没有得到任何优待？’在这种情况下，要将扶持自主创新落到实处，各省、各地必须拿出自己的措施。我省的《自主创新产品目录》正是在这样的情况下出台的。也许有不完善的地方，可能主要关注到的是本省企业，但这是职权所限、能力所限，也是我们扶持自主创新产品的权宜之计。如果全国性的《自主创新产品目录》出台，这些问题都将迎刃而解。”

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