一套完整的应急指挥系统有以下功能：
多元信息采集网及时预警 
突发事态本身带有很大的不确定性，很多现象人们从未见过，事先很难预知。在这次非典爆发时，连很多医护人员都被感染。如果这些信息能及时地传递，其他地方就可以采取防范措施，从而避免类似的感染。
应急指挥系统有多元的社会信息汇集系统，将各种渠道获得的信息汇总分析（系统有一套专门的软件负责此工作），以确定灾难发生的可能性有多大，进行相应的防御。
“9.11”之后新闻报道里常提到“美国将恐怖威胁等级提升至橙色”，这就是美国的应急指挥系统在起作用，它确定了危险发生的可能性有多大。
专家系统辅助作出正确决策
当紧急事件信息有效传递到决策层时，既要保持信息传播尽可能迅速而透明，又要尽可能减少虚假信息传播的范围和造成的后果。如果最有价值的信息没有引起足够的重视，将会造成巨大的决策延误甚至失误。因此，在应急指挥系统中，必须建立功能强大的专家库和方法库以辅助决策。 
方法库里储存了各种灾难的历史记录，以及当时的处理方法，专家库则汇总各相关专业的专家学者，一旦有需要就可以通过视频网络进行专家会议，根据专家的意见和以往的经验制定出救灾的预定方案，使以后的工作可以有序进行。
全程监控确保万无一失 
要做好对突发事件的处理，还必须建立完善的监控机制，以便对各种不当的处理措施进行及时纠正。
比如清华紫光应急指挥系统，该系统的紧急事件实时监控模块包括多媒体实时通信系统及相关业务系统的接口。
从计算机系统到传真、电话、手机、短信、视频和音频会议，应急指挥系统提供了多种通讯方式，一旦发生紧急事件，不但可以迅速同相关的个人或单位进行通信，同时可以组织网上会议，对于紧急事件进行讨论和决策，并对决策过程进行实时全程监控。