PDA的操作系统，大致上可以分为5种，即Plam OS，Windows CE，EPOC，Linux和Pocket PC。在PDA操作系统领域，最多的市场份额被Plam Os和Windows CE所占据。Plam OS是由3COM公司下属的部门开发的基于Plam的32位嵌入式操作系统，它有开放的环境可让使用者自行设计应用软件，在网络上有着数以千计的程序可供此机器使用；另外它可以外挂中文系统，变成一台中文的PDA。目前，其主要应用于掌上电脑。现在利用Plam OS操作系统的掌上电脑主要有Plam V、Plam VII以及3COM等产品。而Windows CE由于借着其老大哥Windows的名气而显得更熟悉些。其实，它是微软专为PDA市场而推出的操作系统。到目前为止，微软的Windows CE系统占据着绝大多数的市场份额。下面，就让我们来详细比较一下时下最流行的这两个操作系统的优劣： 

　　执行效率 虽然装配Windows CE的机器处理器速度较高，但因为本身在Windows CE上所背负的程序就很多，所以在效率上跟Palm OS比是无法跟得上的，同样是存储一笔资料。当你的Plam OS已经找到的时候，可能那时的Windows CE还只是一个漏斗在转呀转呢。 

　　画面分辨率 在画面分辨率上，Windows CE可以提供240×320的灰阶解析。Palm PDA则是160×160的灰阶解析。 

　　资料备份 由于PDA是经常在外使用的，有时会不经意地掉到地上，或是电池突然没电了，所以能否将资料完整地更新备份就显得格外重要，Palm PDA及Windows CE在这方面都做得相当好，不过在备份资料的时间上Windows CE还是多了一些时间，有点美中不足。另外值得一提的就是目前PDA不管是Windows CE或是Palm PDA都有支持红外线传输的功能，使用上方便了许多。
 
　　内存大小 虽然Windows CE的内置内存都比Palm PDA大得多，但是一般Windows CE的外挂程序都是动辄100~300k，而Palm PDA的外挂程序平均在10~50K间，在考虑大小的同时快慢也要注意。
 
　　消耗电力 这也是Windows CE的“强项”。特别是在一些特定的方面（比如，你启动了背光系统），没几个小时，电池就会用完了。用Windows CE，电池可不能少带了。 

　　多媒体性能 Windows CE在多媒体方面确实非常强大。大部分采用此操作系统的PDA均为彩色屏幕，一般都具有录音和多媒体文件播放功能，全为内置，并不需要额外的添加。另外，在平台的支持上，Windows CE的产品全部都是中文的平台，而PLAM OS则需要通过汉化版本进行汉化后才能正确使用中文。