电子政务建设与政府采购之间存在一对隐性矛盾，那就是采购与应用之间的矛盾。记者在和一些采购人的接触中，采购人经常反映的一个问题是，在电子政务项目采购中，招标是按照“期”来进行的，每个项目都分成两到三期，分期建设，分期采购；这可能会出现的一种情况是，分别接手两期项目的企业彼此技术无法兼容，第二期的企业打造的系统无法和第一期的产品共同应用，这给电子政务系统建设带来了某些不便，另外还有一种更加极端的情况是，软件采购的时候服务条款很好，但是由于企业被兼并或者停运而成为一纸空文，升级就更是空话了。
　　
　　如何避免这种情况的发生呢？评标专家，中国科学院软件研究所并行计算实验室副主任张云泉博士认为，首先，政府在招标文件中必须规定参加电子政务建设的厂商要遵循一定的技术标准和技术接口。而且要保留技术资料随时供政府使用。
　　
　　中央国家机关政府采购中心相关负责人也认为，为了避免因为企业兼并或倒闭而产生的问题，很多大型电子政务项目都专门为此做了规定，比如近期的金农工程采购中，农业部规定，要求原厂商发生兼并、停止运营等情况下，投标人须保证产品服务要求中的全部条款能够正常履行。
　　
　　长风联盟秘书长肖澜则表示，实施电子政府的企业之间要多进行交流，以实现相互之间的系统兼容，长风联盟旗下的企业都已经实现了互相兼容。