《国家目录》发布之后，国内企业欢欣鼓舞，跃跃欲试，但是欧美企业则表现出不满，包括美国商会在内的美国、加拿大、欧洲和日本的30多个商业团体在10日--提交认证申请的最后期限--联名致信中国政府有关部委，对这项旨在发展中国本国产业的自主创新产品认证制度表示不满和抗议。它们甚至在联名信中称，该政策“把苛刻的歧视性条件强加给想要打入中国政府采购市场的公司，将损害各国致力于建立的更积极的对华经贸关系”。美国贸易代表柯克的发言人格思里10日也声称，美国政府对此“严重关切”。
　　
　　在这种情况下，我国商务部于2009年12月16日召开的例行新闻发布会上，发言人姚坚对此进行了解释。他表示，这项政策的出台在国内涉及的企业，不仅包括国有企业、民营企业，也包括外国在中国投资设立的企业。只要这些企业在中国设立，缴纳税费，拥有在中国创立的自主知识产权，这会是一视同仁的政策。中国有30多万家外商投资企业，并且数量和规模仍然在增加。他认为，这些企业都会有大量的自主创新，在本地进行研发。姚坚表示，自主创新是有多种方式的，包括原始创新、集成创新以及消化吸收引进再创新。这些内容都是和国际合作、和跨国公司合作有关系。
　　
　　这种说法等于给期待自主创新政策的国内企业兜头泼了一盆凉水。如果按照这种衡量标准，那就不会有“不自主创新”的外企了，因为以甲骨文、微软、戴尔的资金实力，在中国建设一个研究院一类的机构十分容易，只要在汉化、兼容性等非核心领域获得一些专利并在中国申报，就成了自主创新产品，那政府采购“优先”自主创新就变成了一句空话。
　　
　　这也和《国家目录》里的要求有所冲突。《国家目录》中对于自主创新产品的认定原则中有“该产品必须有自主品牌，且不受国外品牌制约”的要求，用这一条衡量任何外资企业都无法成为自主创新产品。
　　
　　在政府采购中扶持国货是天经地义的事情。作为政府采购协定(GPA)最早成员之一的美国，早在1933年就专门出台了《购买美国产品法》，要求优先采购本国产品，并对国货的界定、国货优先采购及其例外等都做出了明确的规定。众所周知的联想安全门事件，联想电脑的核心技术和生产组装流程都在美国完成，美国国务院依然将其拒之门外。
　　
　　此外，西方国家尽管埋怨我们优先采购自主创新产品，但是真正的核心技术却不肯卖给我们，长期以来，尽管我国派出的海外采购团频频出手，但重要核心技术仍牢牢掌握在欧美发达国家手中。以数据库为例，甲骨文数据库安全级别为B的数据库是不让出口中国的，只有不安全的C级才能出口。
　　
　　政府采购是用纳税人的钱，为纳税人做事，原本就需要承载政策功能，自主创新政府采购原本就是提高本国科技水平的重要工具，扶持国货本就是天经地义的事情，不需要向他人解释。

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